L'habilitation est un processus qui permet à l'ANAQ-Sup de prendre un acte administratif qui atteste, suite à une évaluation institutionnelle, de la légalité, et des capacités de l'établissement d'enseignement supérieur à délivrer des diplômes conformes aux normes qualité. Elle aboutit à la reconnaissance des diplômes délivrés par l'institution. 

Les objectifs de l'habilitation sont de :

• Garantir que les institutions d'enseignement supérieur et de recherche s'inscrivent dans la stratégie de développement de l'enseignement supérieur et de la recherche scientifique
• informer le public de l'aptitude des institutions d'enseignement supérieur et de recherche à remplir leurs missions respectives
• soutenir l'amélioration des pratiques existantes au sein des institutions d'enseignement supérieur
• assurer une recherche scientifique de qualité au service du développement
• accompagner les institutions d'enseignement supérieur dans leur démarche visant à atteindre l'excellence 
• garantir que l'offre d'enseignement supérieur respecte les exigences de qualité définies par les textes réglementaires 
• protéger les intérêts des apprenants en garantissant que l'offre d'enseignement supérieur corresponde aux objectifs nationaux de développement et aux standards internationaux
• harmoniser la qualité des formations proposées et ainsi favoriser la mobilité des étudiants et des enseignants-chercheurs et chercheurs

Si un programme est habilité, il est reconnu comme conforme aux standards établis par l'ANAQ-Sup, ce qui lui confère une valeur officielle et une crédibilité nationale et internationale. Cette reconnaissance assure aux étudiants que la formation suivie répond aux critères académiques et professionnels requis.